關(guān)于454焦磷酸測序的原理問題
懸賞分：20|
測序過程到底是如何進行的？我知道每有一個堿基匹配正確就會發(fā)出熒光，但我的問題如下：每個磁珠上的單克隆是同個目的基因的不同片段還是不同的目的基因，即該測序方法是能同時測序多個不同基因序列還是快速測出一個基因的序列？如果是將一個基因序列打斷到不同的磁珠里，那怎樣保證分別測序后各片段序列按照原基因序列順序重新整合？該方法是否可以控制一次只結(jié)合一個堿基（如果目的序列是AAA，在T核苷酸進入時會不會一下合出3個連續(xù)堿基）？還有就是假設(shè)目的片段長為a，一個堿基進入的時間為t，那么測量整段目的片段的用時是不是就應(yīng)該是4at？這真的很快嗎？希望強人幫忙解釋下，以上問題能答多少就答多少，不勝感激！
1，對高通量測序來說，如果是測基因組相當于做鳥槍庫測序，而不是針對特定位置來測得。
2，無法保證。所以實際上每次測一個基因組，其實要獲得測至少6倍以上基因組大小的數(shù)據(jù)。通過過量的數(shù)據(jù)來拼接，最后再把仍然沒解決的gap用一代測序cover掉。
3，理論上，是這樣。一個接一個的進入。
4，我忘記454是幾色螢光了。應(yīng)該是單色，還需加入洗滌同步的時間，要遠大于4at。ngs快不是指并不是每個循環(huán)快，而是每次獲得的信息量大。ngs每次跑的時間要數(shù)倍于一代測序，但是獲得的信息量要千倍于一代測序。如果想要大量數(shù)據(jù)，自然是ngs快的多。說它價錢便宜也是同樣道理。
2，無法保證。所以實際上每次測一個基因組，其實要獲得測至少6倍以上基因組大小的數(shù)據(jù)。通過過量的數(shù)據(jù)來拼接，最后再把仍然沒解決的gap用一代測序cover掉。
3，理論上，是這樣。一個接一個的進入。
4，我忘記454是幾色螢光了。應(yīng)該是單色，還需加入洗滌同步的時間，要遠大于4at。ngs快不是指并不是每個循環(huán)快，而是每次獲得的信息量大。ngs每次跑的時間要數(shù)倍于一代測序，但是獲得的信息量要千倍于一代測序。如果想要大量數(shù)據(jù)，自然是ngs快的多。說它價錢便宜也是同樣道理。
好
不好其 他 回 答共2條
1樓
一個一個回答吧。
1、每個磁珠攜帶的是同一個片段，經(jīng)過乳液PCR過后，每個磁珠攜帶同一個片段的大量拷貝。但是LZ不要忘了，測序的時候是N多磁珠同時進行，不同的磁珠會攜帶不同的片段，不然怎么能稱作高通量呢~
2、高通量測序結(jié)束之后都會進行組裝，這涉及到生物信息學(xué)，這里頭的算法俺也不懂，但是肯定會重新組合，不然誰把DNA打斷建文庫就弄死誰···
3、LZ的問題說到了454的缺陷：連續(xù)的同一個堿基怎么測序。這個是缺陷，只能通過熒光的強度來辨認，比如一個A和三個A的熒光強度就不同，不過這不好解決。
4、時間問題··額，這個LZ杞人憂天了，只能這么回答。
1、每個磁珠攜帶的是同一個片段，經(jīng)過乳液PCR過后，每個磁珠攜帶同一個片段的大量拷貝。但是LZ不要忘了，測序的時候是N多磁珠同時進行，不同的磁珠會攜帶不同的片段，不然怎么能稱作高通量呢~
2、高通量測序結(jié)束之后都會進行組裝，這涉及到生物信息學(xué)，這里頭的算法俺也不懂，但是肯定會重新組合，不然誰把DNA打斷建文庫就弄死誰···
3、LZ的問題說到了454的缺陷：連續(xù)的同一個堿基怎么測序。這個是缺陷，只能通過熒光的強度來辨認，比如一個A和三個A的熒光強度就不同，不過這不好解決。
4、時間問題··額，這個LZ杞人憂天了，只能這么回答。
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