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采用經(jīng)典的陽離子交換色譜分離、茚三酮柱后衍生法，對蛋白質(zhì)水解液及各種游離氨基酸的組分含量進(jìn)行分析。儀器基本結(jié)構(gòu)同普通HPLC相似，但針對氨基酸分析進(jìn)行了細(xì)節(jié)優(yōu)化（例如氮氣保護(hù)、惰性管路、在線脫氣、洗脫梯度及柱溫梯度控制等等）
通常細(xì)分為兩種系統(tǒng)：蛋白水解分析系統(tǒng)（鈉鹽系統(tǒng)）和游離氨基酸分析系統(tǒng)（鋰鹽系統(tǒng)），利用不同濃度和pH值的檸檬酸鈉或檸檬酸鋰進(jìn)行梯度洗脫。其中鈉鹽系統(tǒng)一次最多分析約25種氨基酸，速度較快，基線平直度好；鋰鹽系統(tǒng)一次最多分析約50種氨基酸，速度較慢，基線一般不如鈉鹽系統(tǒng)好。
分析效果：從目前已知的氨基酸分析方法比較來看，除靈敏度（即最低檢測限）比HPLC柱前衍生方法稍低以外（HPLC：<0.5pmol；氨基酸分析儀：<10pmol)，其他如分離度、重現(xiàn)性、操作簡便性、運行成本等方面，都優(yōu)于其他分析方法。