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原理是混合氣體中的各種成分通過色譜柱的速度不同。
先把要測試的樣品加熱氣化，再和載氣（例如氬氣）同時注入色譜柱的一端，由于混合氣體中各種成分跟色譜柱中的固定相（例如三氧化二鋁）的結(jié)合力不同，從而通過色譜柱的速度也不同。
只需在色譜柱的令一端接收流出物質(zhì)，鑒定并記錄從注入到流出的時間即可。（混合氣體中不同組分的流出時間不同）。還可以將該時間與標(biāo)準(zhǔn)純物質(zhì)流出時間作對比。
所以氣相色譜只適合與混合物質(zhì)的分離純化，或是鑒定已知物質(zhì)，對于未知結(jié)構(gòu)物質(zhì)，無法單獨鑒定，一般要和其他手段（如紅外光譜、質(zhì)譜）聯(lián)用。